A Operação Litoral tem competência para atuar nas questões da competência do Juizado Especial Cível e Criminal, bem como nos feitos referentes a matéria da Infância e Juventude (Portaria nº 001-DM, de 04 de janeiro de 2011).
Já na Ilha do Mel, a competência abrange, além dos Juizados Especiais e Infância e Juventude, as demais questões cíveis, criminais e de família.